Ad eccezione dell’isola principale, sede di un importante centro abitato, l’arcipelago ha conservato una sostanziale condizione di naturalità sia in contesto terrestre  e soprattutto marino e costituisce un positivo esempio di tutela del sistema costiero che si estende per oltre 180 km.
Oltre all’isola di La Maddalena, dove sorge la città omonima, e l’agglomerato di Stagnali a Caprera e circa 20 abitazioni in una ristretta area di Santa Maria abitate solo nel periodo estivo, è del tutto disabitato, e ha conservato fondamentalmente l’assetto risalente a oltre due secoli or sono.

Costituito da oltre 60 isole e isolotti di natura granitica e scistosa, rappresenta un complesso strettamente interdipendente di mare e terra, che costituisce uno dei paesaggi considerati tra i più suggestivi del mondo per morfologie, paesaggio vegetale, mare e biocenosi marine, anche a ragione della sua collocazione geografica nello stretto di Bonifacio, punto di divisione e raccordo del più vasto sistema insulare sardo-corso.
La geomorfologia del territorio è caratterizzata da rocce di natura granitica con forme oltremodo significative di erosione eolica e marina che costituiscono veri e propri monumenti naturali su rocce granitiche.

Nel Mediterraneo non esistono altri sistemi insulari a dominante cristallina caratterizzati dalla vicinanza tra le diverse isole separate da canali marini con bassi fondali. Le forme delle terre emerse sono caratterizzate pertanto da rilievi granitici e superfici cariate e tafonate di grande estensione sia lungo le coste, sia nelle parti più interne dell’isola. Nei fondali, inoltre, sono conservate le forme di erosione granitica emerse durante l’ultima glaciazione. Tali concomitanze di fattori estremamente rare al mondo, fanno sì che il paesaggio marino trovi pochi riscontri in altre parti del mondo.

L’arcipelago costituisce una tra le più importanti aree del mediterraneo con la presenza di popolazioni di Cernie brune (Ephinepelus sp.) e Corvine (Sciaena umbra). La ricchezza delle specie è determinata dal passaggio obbligatorio nel canale tra Corsica e Sardegna.
Ricca anche di specie della famiglia dei cetacei, tutta l’area costituisce un habitat di riproduzione delle Balenottere .L’area marina del Parco Nazionale dell’Arcipelago di La Maddalena è parte integrante del Santuario dei Cetacei istituito dallo Stato Italiano, Stato Francese e Principato di Monaco nel 1999. Durante gli ultimi dieci anni sono aumentati gli avvistamenti di foca monaca (Monachus monachus) che sino agli anni 60 era regolarmente presente nell’area.