Le sue origini risalgono così indietro nel tempo da coincidere con la nascita della civiltà urbana in Occidente.
Prima colonia greca di Sicilia, viene fondata intorno al 734 a.C. dai Calcidesi d’Eubea ai quali si unirono, come sembra ormai certo, i Nassi dalla grande isola dell’Egeo.
La città prospera in periodo arcaico e quindi, nei primi decenni del V secolo a.C., viene da Ierone dorizzata e riedificata secondo un piano rigidamente regolare.
Nel 403 a.C. è distrutta da Dioniso I di Siracusa che ne atterra le mura, riduce in schiavitù la popolazione e consegna il territorio della città alle vicine popolazioni sicule, intendendo così punirla per essersi schierata con gli Ateniesi nel conflitto contro Siracusa.
Dopo tale evento Naxos non tornò più ad avere il rango e il ruolo di città, pur rimanendo il suo porto attivo per tutta l’antichità.
La vita urbana si sposta a Taormina, che viene fondata nel 358 a.C. da Andromaco, padre dello storico Timeo, il quale ivi accoglie gli esuli di Naxos.
La vicenda della città si conclude dunque nell’arco di poco più di tre secoli.
Tale circostanza, che trova conferma nell’evidenza archeologica, fà di Naxos un osservatorio privilegiato per lo studio della più antica urbanistica delle città greche d’Occidente.